حوادث این قسمت بلافاصله بعد از بازی کامپیوتری Half Life 2 Episode One و در اطراف شهر ۱۷ اتفاق می‌افتد. در نسخه نخست نیز شخصیت دکتر گوردون فریمن و همراه او آلیکس ونس و ادامه مبارزه آن‌ها علیه نژادی از موجودات فرابشری به نام کمباین را بازگو می‌کند. داستان از جایی شروع می‌شود که، گوردون بعد از رخدادهای پیش آمده در نیمه‌جان ۲ که در انتها باعث ازهوش رفتن او شده بود، توسط شخصیت انجیمای بازی، G-Man، در خارج از برج و پایگاه اصلی دشمن یعنی Citadel از خواب بیدار می‌شود. در طول بازی گوردون به همراه آلیکس قصد فرار از شهر را دارند. اگر هسته اصلی این برج منفجر شوند، کل شهر نیز با شهروندانش نابود می‌شود. بنابراین دکتر فریمن تصمیم می‌گیرد به برج وارد شود و هسته را برای مدتی پایدار سازد که اول با مخالفت پدر آلیکس ونس یعنی الای ونس مواجه می‌شود، ولی بعد گوردون و آلیکس وارد برج می‌شوند و هسته را برای مدتی پایدار می‌کنند.

در ادامه‌ی بازی کامپیوتری Half Life 2 Episode One باید تعداد زیادی از شهروندان را به صورت دسته ای تا ایستگاه قطار اسکورت کند، سپس گوردون در مرحله آخر با تعداد زیادی از نیروهای کامباین مواجه می شود و باید با آن‌ها بجنگد، سپس همراه آلیکس با یک قطار از شهر ۱۷ خارج می‌شوند. هنگامی که سوار قطار هستند، آلیکس و گوردون نابودی کامل شهر ۱۷ و برج استعمار آن یعنی Citadel را تماشا می‌کنند. در مرحله اول بازی بعدی یعنی نیمه جان ۲: قسمت دوم ما شاهد حضور گوردون در یک قطار خراب هستیم که باید از آن خارج شود.